Minerva的學習評量機制跟其他學校相當不同的地方在於以思考習慣為單位（HC，habits of mind and foundational concepts），並不是以科目來評分。每堂課會涵蓋數個思考習慣，至於學生是否能夠妥善運用各項思考習慣，教授在觀看錄影回放的上課歷程時，會以學生上課時的口頭發言以及打字回答的內容，來給予1-5的評分。
到了第二個月，開始有些課堂以及作業的分數出爐了，這個月學到的課題是：覺得自己獲得不錯評分的時候，假如看到同學在哀嚎，不要急著慰問，也別得意，因為他很可能所有分數都比你高。